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面陣CCDKAI-0340S的驅動時鐘分為水平移位時鐘、MSM7717復位時鐘、垂直轉移時鐘、電子快門時鐘四種，需要的驅動電壓具體要求見表1。
CCD在單端輸出模式下，水平移位時鐘對應圖像傳感器的管腳連接如下：H1=H1S（5）+H1BL（4）+H2BR（9）;H2=H2S（7）+H2BL（3）+H1BL（8）。H1，H2，R共用一片74AC04驅動器，每個時鐘使用兩個門驅動，再配合濾波電容和鉗位電路便可以實現對面陣CCD的水平和復位驅動。
垂直轉移需要V1、V2兩相驅動時鐘，其中V2為三電平，因為FPGA產生的信號只有‘0’和‘1’兩種狀態，所以需要將信號V2分解成V2HM和V2ML兩個信號。V1通過一片EL7212進行驅動，配合濾波電容和鉗位電路實現。
V2驅動器選用一片MAX4426，通過V2HM控制其電源端（將V2HM反向）。MSM7717當V2HM為高的時候，MAX4426產生峰峰值9V的輸出信號，當V2HM由高變低時，MAX4426的電源端被升到18V，從而產生出滿足要求的三電平信號V2。電子快門脈沖電壓為VAB~VAB+40V（峰峰值為40V），使用分立元件產生，KAI-0340S工作需要6路驅動信號：分別是兩相水平移位寄存器時鐘H1、H2；復位脈沖時鐘RL；兩相垂直轉移時鐘V1、V2（分解成V2HM和V2ML）；電子快門時鐘SUB。CCD成像的一個工作周期分三個階段：曝光階段，行間轉移階段和水平移位階段。CCD工作時，首先底層出現電子快門脈沖將光敏區的電荷清除，電子快門脈沖之后開始圖像信號積分階段，積分完成后V2上的高電平把光敏區的包含圖像信息的電荷包轉移到擋光的垂直CCD上，接下來通過V1和V2的互補時鐘逐行把垂直CCD中的電荷包轉移到水平CCD上，再通過H1和H2的互補時鐘逐個把水平CCD上的電荷包轉移到浮置擴散輸出節點，進行電荷測量供后續電路處理，同時CCD又可進行下一幀圖像的曝光。KAI-0340S的詳細驅動時序關系參見其使用說明書。其中實現H1和H2
