浙江阿里巴巴成立于2000年10月，目前的注冊資本為7.1億元人民幣，公司股東為馬云和謝世煌，后者為阿里巴巴集團18位創始人之一，兩人分別投資5.688億元和1.422億元，持股比例為8:2。

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支付寶股權脫離阿里巴巴集團的過程并非一步到位，而是分兩次進行。支付寶2004年成立后，全部股權由阿里巴巴集團在英屬開曼群島注冊的離岸公司alipay ecommerce corp(下稱alipay)持有。                                      汕頭金科源電子有限公司   

2009年6月1日，alipay將支付寶70%的股價以2240萬美元的價格轉讓給浙江阿里巴巴，支付寶由一家外資獨資企業變為一家由內資企業絕對控股的中外合資企業。

2010年10月，中國人民銀行出臺了涉及第三方支付業務的《非金融機構支付服務管理辦法》(下稱管理辦法)，規定申請從事支付服務的，必須為國內依法設立的有限責任公司或股份有限公司，同時指出，外商投資支付機構的業務范圍，境外出資人的出資條件和出資比例等，由中國人民銀行另行規定，報國務院批準。支付寶股權經過兩次交易，由阿里巴巴集團全部轉移至馬云本人控股的浙江阿里巴巴電子商務有限公司(下稱浙江阿里巴巴)，總價為3.3億元。

2010年8月6日，支付寶召開董事會，決定以2010年5月31日為估價轉讓基準日，按照當日的股價評估價，以1.6489億元的價格將其持有的支付寶剩余30%的股份轉讓給浙江阿里巴巴，交易完成后，浙江阿里巴巴獲得支付寶全部股份。

針對支付寶股權轉移，阿里巴巴集團股東雅虎5月13日發表聲明，稱支付寶股權轉移未能獲得董事會董事和股東批準，事后阿里巴巴集團向雅虎披露了有關重組事宜，目前雅虎和阿里巴巴正就支付寶股權重組事宜進行談判。